Fachlicher Schwerpunkt dieses Freiberuflers

Bioinformatics, Embedded Software, Administration, Machine Learning, Computer Vision

verfügbar ab
17.09.2019
verfügbar zu
100 %
davon vor Ort
50 %
PLZ-Gebiet, Land

Einsatzort unbestimmt

Kontaktwunsch

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Projekte

05/2017 - 09/2019

2 Jahre 5 Monate

Fertigstellen Dienstmanagement

Kunde
Airbus D & S GmbH, München
Projektinhalte
  • Küsten- und Seewegeüberwachungssystem nautischer Zwecke
  • Anwender, WSV.de des Bundes
  • DM protokolliert, signalisiert Zustände der IT-Infrastruktur Hard- und Software, erlaubt Steuerung von Systemkomponenten

Aufgaben:

  • Fehleranalyse und Bugfixing vorhandener Module,
  • Dokumentation neu implementierter bzw. vorhandener SWKomponenten,
  • Umsetzen offener Anforderungen, Subsystemparameter konfigurieren bzw. anzeigen und überwachen
  • Radare, Rechner- und Netzwerkkomponenten, Racks, nautische SWApplikation

QUALIFIKATIONSPROFIL

  • Check-MK (Projekt-spezifische GUI-Erweiterung WATO), Nagios
  • Paketierung mit RPM, Hochverfügbarkeit mit DRBD und Heartbeat
  • Nutzerverwaltung mit LDAP, Radar-Datenprotokolle Typ Asterix Cat 62, Cat 240, Virtualisierung Qemu, PosgreSQL, Software-Werkzeuge der Radarhersteller Terma, Atlas
Produkte

Linux RedHat6 (Bootsystem Upstart)

Confluence

C/C++

SOAP

Qt

Bugzilla

SVN

Python

Perl

Bash

JavaScript

Java

06/2018 - 07/2018

2 Monate

Post-Prozessierung

Kunde
GeneReader NGS
Projektinhalte
  • Primary analysis software: Nukliotid-Klassifikation, Base calling
  • NGS: Next generation sequencing data

Aufgaben:

  • Optimieren der Nukliotid-Klassifikation aus Grauwertbildern
  • Post-Prozessierung der DNA-Daten, UMI grouping, Sekundäranalyse
  • Online-Qualitätsassessment des Sequenzierungsprozesses
Produkte

Scrum

Linux

C++11

Perl

Python

Bash

Microservices (POCO C++ Lib

REST)

Continous Integration mit Jenkins

: Confluence

Jira

Bamboo

GIT

Ninja

Clang

Doxygen

Polarion

Docker/Compose

12/2015 - 03/2017

1 Jahr 4 Monate

Automatische DNA-Erstannotation eines Pflanzengenoms

Rolle
IT-Consultant
Einsatzort
Remote
Projektinhalte
  • Bioinformaics: DNA-Erstannotation eines Pflanzengenoms
  • weitere Details, auf Anfrage
Produkte

Apache

jbrowse

gbrowse2

blast

Perl

Python

C++

Linux

Maschinelles Lernen

Projektleitung

Teamleitung (IT)

C++

Linux

Entwicklung

Perl

Python

Softwareentwicklung (allg.)

HACMP (High Availability Cluster Multi-Processing)

Scripting

Biotechnologie

03/2016 - 09/2016

7 Monate

Genset- und Coverage-Analyse

Kunde
Internation S.E.
Projektinhalte
  • Tabakpflanze
  • Aufklären der Genstruktur mit Bioinformatischen Werkzeugen
  • vergleichende Genset- und Coverage-Analyse als statistisches Qualitätsassessment
Produkte

High Performance Computing „Brain“ Cluster

AUGUSTUS

verschiedene Aligner für mRNA

cDNA

Proteine

Peptide

Repeats; eXpress

RepeatFinder

Blast

GBrowse2

Bio::Perl

Bash

09/2015 - 06/2016

10 Monate

Spider Development

Projektinhalte
  • Hausspinne
  • Aufklären der Genstruktur mit Bioinformatischen Werkzeugen

Publikationen:

gerne auf Anfrage

Produkte

HPC Brain Cluster

AUGUSTUS

verschiedene Aligner für mRNA

cDNA

Proteine; RepeatMasker

Gbrowse2

eXpress

10/2010 - 09/2014

4 Jahre

Bioinformatikgruppe

Rolle
Wissenschaftlicher Mitarbeiter
Kunde
Ernst-Moritz-Arndt Universität, Greifswald
Projektinhalte
  • automatische Genom-Annotation,Genvorhersage mit der
    AUGUSTUS-Pipeline
  • Administration der Institutsrechentechnik und der Clustermaschine Fujitsu-Siemens PRIMERGY TX300
  • Beschaffung, Aufsetzen und Pflege der Hardwareteile und
    Softwarekomponenten wie Netzwerktechnik, Computeserver, Platten, Speicher, USV
  • Übungsleiter zu den Themen Datenbanken und Bioinformatorisches Praktikum

QUALIFIKATIONSPROFIL:

  • Perl
  • Shellscript
  • Gnu-Toolchain
  • Excel
  • Ubuntu
Produkte

Eclipse-Helios C/C++ IDE

Sun-Grid- Engine SGE

PHP

Apache

MySQL

Python

git

BALL

JMOL

Boost

PDB-Datenbank

VRML

GBrowse2

NCBI – und USCS – Genom-Browser

GSNAP

Web-Appollo

CuffLinks

MAKER-Pipeline

Exonorate

Statistik mit „R“

Blast

AUGUSTUS

CEGMA

PASA

Perl und Bio-Perl

BAMTools

Gnu-Toolchain für C/C++

SGE

Ganglia Monitoring System

wiki-Trac

SUSE-Linux

ssh

NFS – Toolchain

Samba

Kerberos

Synology und Tools (RAID-System

NAS)

DELL-UPS-System

Apache

MySQL

PHP

CGI

HTML

XML

Bio-Perl

Perl

06/2004 - 09/2010

6 Jahre 4 Monate

Software-Entwicklungsingenieuring Automotive

Kunde
TechniSat Digital GmbH
Einsatzort
Dresden
Projektinhalte
  • Entwicklung, Hard- und Software von OEM
  • Navigationssystemen für Projektpartner Volkswagen AG
  • Verhandlung des Pflichtenhefts mit dem Projektpartner über den Telematikteil, die Routenanpassung, partiell CAN-Busverhalten sowie persistente Kfz-Datenspeicherung und externer Zugriff
  • Feldtestabstimmung und Fehlertracing mit dem Projektpartner
  • Qualitätsassessments u.a. Codemetriken und externe Audits
  • Programmierung Microcontroller für Systemboot, Shutdown, Update, Failure und Fahrzeugintegration, FMEA der Software-Komponente Lautstärkeregelung
  • Entwicklung des Telematikteils und der Routenanpassung für dynamische Verkehrslagen
  • Erhöhung der Robustheit der Ortung anhand GPS und
    Fahrzeugsignalen
  • Integration des Embedded Filesystems (WLFS)
  • Tool-Entwicklung Debug mittels COM-, Ethernet-, USB-Interfaces, Filesystemanbindung Flash
  • TMC Datenbanken – Akquise, – Prozessieren und – Pflege in Zusammenarbeit mit den EU-Behörden des Traffic Message Channel (TMC)
Produkte

SPICE Tools zur Codebewertung

Bugtracking mit Mantis

Wasserfall-Modell

Test-getriebene Entwickung

Assembler

Programmable Interface Controller

Microchip

CAN-Interface

Oszilloskope zur Signalverfolgung

GHS – Toolchain (MULTI) und JTAG – Probe

GHS Integrity für ARM

BlackFine

ColdFire

Gnu-Toolchain

Linux

MS Dev IDE 6 und 7

C/C++

MySQL

Apache

NAVTEQ – Bibliotheken für GIS-Daten (Routing

Darstellung

Ortung)

GHS – Bibliotheken und – Treiber

Perl

09/2003 - 03/2004

7 Monate

Projektingenieuring

Kunde
ITW Chemnitz e.V.
Einsatzort
Chemnitz
Projektinhalte
  • Untersuchungen zur bildhaften 3D-Vermessung transparenter Oberflächen

Aufgaben:

  • Programmierung numerischer Optimierungsverfahren
Produkte

C++

MatLab

Maple

10/2002 - 02/2003

5 Monate

Visiting Student Reseach

Kunde
Center for Machine Perception (CMP), TU Prag
Projektinhalte
  • EU-Stipendium im Rahmen des MIRACLE Projekts
  • Thema der Arbeit, gerne auf Anfrage
Produkte

C/C++

Unix

Gnu-Toolchain

10/2000 - 09/2002

2 Jahre

Softwareentwicklung

Kunde
Kubit Software GmbH
Projektinhalte
  • Implementierung eines Planinterpretationssystems

Aufgabe:

  • Implementierung des Erkennungskerns
Produkte

C/C++

AutoCAD

CVS

MS Dev IDE 6

MFC

W2K

02/1996 - 03/1996

2 Monate

Praktikum

Rolle
Praktikant
Kunde
Messbildstelle GmbH
Einsatzort
Dresden
Projektinhalte
  • TachyCAD – Integration von Theodoliten in CAD-Systeme
  • Die Applikation erlaubt die präzise Vermessung und das
    anschließende Editieren von „Real-Welt-Objekten“ in Echtzeit.
  • Referenzobjekte, die mit der Applikation vermessen wurden, sowie Bilder des praktischen Vermessungsvorgangs, gerne auf Anfrag
Produkte

MS Dev IDE 6

C/C++

COM-Interface

AutoLisp

OOAPI für AutoCAD

Branchen

Automotive, Genussmittelindustrie, Architektur- und Bauvermessung, R&D, Luft- und Raumfahrt

Kompetenzen

Sprachkenntnisse
Englisch

Schwerpunkte
Algorithmenentwicklung
Bildverarbeitung, Mustererkennung
Bioinformatics
Embedded Softwareentwicklung C/C++
Maschinelles Lernen

Produkte / Standards / Erfahrungen
Apache
Application Virtualization
Automotive-SPICE
blast, gbrowse2, jbrowse
CheckMK, WATO
Docker, VM, QEMU
DRBD
GHS-Integrity
Heartbeat
High Availability Cluster Multi Processing
High Performance Computing
JTAG
Linux Packaging
Linux Roll out grosser Softwarelandschaften
Linux Tool Chain (Bash, Compiler, Skripting etc.)
Machine Learning as a Service
MISRA
RedHat Enterprise Linux Administration
UML

Erfahrungen

Informatik:

  • Objektorientierte Analyse und Design
  • Dokumentation
  • Implementierung
  • Softwarearchitektur
  • Testing,
  • Datenbanken
  • Entwicklungsmethode UML
  • Algorithmen struktureller
  • probabilistischer Mustererkennung (Machine Learning, Image Processing, DNASequenzen)
  • Paralleles Rechnen & High Performance Computing (HPC)
  • Projektmanagement
  • Softwareentwicklung
  • SPICE
  • MISRA
    Wasserfallmodell
  • Test-getriebene Entwicklung
  • hardwarenahe Programmierung
  • Echtzeitbetriebssysteme

Bioinformatik:

Genvorhersage

  • Proteinmodellierung und Protein-Protein –Interaktionsvorhersage
  • RNA-Quantifizierung

Linux:

  • Erstellen von eigenen Distributionen
  • Packaging
  • Bootsysteme
    Rollout von Systemlandschaften
  • Hochverfügbarkeit (DRBD, Heartbeat)
    Virtualisierungstechniken
  • GNU-Build-Tools

Kenntnisse:

  • C/C++
  • Assembler
  • Perl
  • Java
  • Javascript
  • PHP
  • SQL
  • Python
  • Ada
  • Gnu-Shellscript
  • Bio-Perl
  • Lisp


Programmiersprachen
C++
Linux-Scripting
Perl
Python

Betriebssysteme
Linux
Unix

Bemerkungen

Patente gerne auf Anfrage


Aus- und Weiterbildung

10/2014 - 03/2015

6 Monate

Dissertation,

Abschluss
cum laude
Institution, Ort
Ernst-Moritz-Arndt Universität, Greifswald
Schwerpunkt
  • Thema: Graphical models for protein-protein interaction interface prediction

Publikationen:

gerne auf Anfrage

10/1994 - 05/2000

5 Jahre 8 Monate

Studium der Informatik

Abschluss
Diplom-Informatiker
Institution, Ort
TU Dresden
Schwerpunkt
  • Mustererkennung und Bildverarbeitung
  • Parallelverarbeitung und High-Performance-Computing, jeweils 4 Semester

Ausgewählte Studieninhalte:

  • Praktische Informatik: OO-Programmierung und -Softwarearchitektur
  • Technische Informatik: Mikroprozessortechnik, Rechnerarchitektur
  • Angewandte Informatik: Rechnernetze, Betriebssysteme,
    Datenbanken (Corba,ISO-OSI-Modell, Verteilte Systeme)
  • Theoretische Informatik: Compilerbau

eingesetzte Tools:

  • Unix (DELL, Sun-Solaris, Gnu-Toolchain)
  • Windows (PC)
  • C/C++
  • Java
  • Lisp
  • Modula-2
  • Assembler
  • Haskell
  • UML
  • SQL

Ausbildungshistorie

05/2015 – 04/2016

Bundesministerium für Wirtschaft und Energie, EXIST Stipendium

06/2016 – 11/2017

Land Mecklenburg-Vorpommern, ESF Stipendium

QUALIFIKATIONSPROFIL

  • Thema: Genomannotationen – schnell und kostengünstig
  • Unternehmensgründung aus dem universitären Umfeld

Diplomarbeit

09/1999 – 05/2000

TU Dresden

  • Diplomarbeit Bewertung eines interaktiven Tools zur Leitungsplaninterpretation
  • Ausgangslage: hoher Bedarf an Konvertierung von Papierplänen urbaner Versorgungsnetze in OO-Datenbanken seitens Versorger, Tool zu Umsetzung vorhanden

Aufgabe:

  • praktische und theoretische Bewertung automatisch generierter Datenbanken des Projektpartners Stadtwerke Dresden
  • Vorgehensweise: Definition und Aufbau großer Referenzdatenmengen u.a. mittels Simulation, theoretische Komplexitätsbetrachtung der verwendeten Algorithmen
  • Ergebnis: 1,0 (sehr gut)

QUALIFIKATIONSPROFIL:

  • eingesetzte Tools: C/C++, SmallWorld-GIS von General Electrics (GE)
    unter Sun-Solaris

Praxissemester

02/1998 – 07/1998

Dasa Jenoptronik GmbH, Jena

  • Projekt: Entwicklung einer Satelliten-Flugsoftware

Aufgaben:

  • Prüfmittelerstellung und Testunterstützung der schrittweisen Hardware-Integration, partielle Sensorsimulation, Payload  und Manöver-Kommandos mittels Parallelrechner
  • Erstellen einer Bibliothek für Matrixoperationen, On-Board
  • eingesetzte Tools: Sun-Solaris, ARM-Emulator, C/C++, Ada83, JTAG-Anbindung des VxWorks-Targets
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